Летчики всегда старались укрыться в темноте, чтобы избежать встречи с врагом: от побегов на воздушных шарах из осажденного Парижа в 1870 году до налетов «Цепеллинов» в ходе Первой мировой войны. Ночные полеты сами по себе небезопасны, однако даже в условиях мощной противовоздушной обороны выгода зачастую перевешивала риск. В начале Второй мировой войны ВВС Великобритании и Люфтваффе совершали бомбовые налеты днем, однако неприемлемый уровень потерь вынудил обе стороны к концу 1940 года перейти на ночные стратегические бомбардировки.

Большинство матчей в War Thunder происходят при свете дня, однако время от времени встречаются и сражения в темное время суток. Ночные бои захватывающе красивы: сверкающие пулеметные трассы прорезают мглу, прожекторы расчерчивают небо, словно лазерные лучи. И это не просто спецэффекты: лучи прожекторов, стоит зазеваться и попасть в них, слепят сильнее солнца.  Если режим игры предполагает обозначение цели, оно по-прежнему присутствует, но появляется на гораздо более короткой дистанции, чем днем. У бомбардировщиков больше шансов остаться незамеченными, особенно если при подходе к цели использовать складки местности или идти под прикрытием облаков. В танковых сражениях неподвижные цели заметить практически невозможно, благодаря чему засады особенно эффективны.

Ночные бои в симуляторном режиме позволяют в какой-то мере ощутить на себе трудности, с которыми приходилось сталкиваться пилотам, имевшим только один прибор для обнаружения противника — собственные глаза.  Ранний перехват в большинстве случаев был лишь результатом удачного стечения обстоятельств. Для стандартных истребителей, таких как британские «Харрикейны» и «Бленхеймы», или немецкие Bf.109 и Bf.110, единственными доступными средствами обнаружения бомбардировщиков были лунный свет или подсветка с земли. Некоторые пилоты даже демонтировали часть фонаря кабины для лучшего обзора. Проводилось множество экспериментов в надежде найти технологию ночного обнаружения самолетов. Испытывались летающие прожектора и различные инфракрасные устройства, однако самым эффективным средством показала себя радиолокация. Поле битвы расширилось и включило в себя электромагнитный спектр. Все участники конфликта стали применять все более сложную технику: воздушные и наземные радиолокаторы, средства постановки помех и приборы обнаружения излучения РЛС. К концу войны в ночном небе появились специальные ночные истребители, такие как «Москито» NF XXX и He.219, которые представляли очень серьезную угрозу для бомбардировщиков и друг для друга.

В случайных сражениях War Thunder ночные бои встречаются довольно редко, однако режимы «Пробный вылет» и «Пробный выезд» позволяют задать любые погодные условия и время суток. В режиме пробного вылета в левом нижнем углу экрана имеется кнопка «Редактор миссии», позволяющая создать собственную ночную миссию по перехвату или прикрытию бомбардировщиков, противники в которой будут управляться компьютером.

Однако ночные полеты не ограничивались стратегическими бомбардировками в Западной Европе. Истребители и бомбардировщики вылетали на ночные задания в тыл противника и атаковали вражеские бомбардировщики, возвращавшиеся на свои аэродромы, или другие удобные цели. Отличные примеры: Do.17 Z-7, добавленный в обновлении 1.53, и «Хэвок» Mk.I («Интрудер») — одни из первых самолетов, специально модифицированных под задачи вторжения.  На Восточном фронте и в Тихоокеанском регионе основной целью нанесения ударов было нарушение порядка и беспокойство вражеских соединений, а также нарушение путей снабжения противника. Советские ночные бомбардировочные полки, вооруженные бипланами По-2 (на котором можно полетать в специальных событиях War Thunder), стали настоящим кошмаром для многих подразделений Германии. Самым знаменитым полком, без сомнения, был женский 588-й (позднее — 46-й гвардейский) полк, получивший прозвище «Ночные ведьмы». Немцы переняли советскую тактику и также взяли на вооружение учебно-тренировочные самолеты, создав для этого ночные штурмовые группы (Nachtschlachtgruppen, NSG). Со временем, когда Ju.87 стал слишком уязвим для дневных вылетов, многим NSG были поставлены на вооружение ночные варианты «Штуки», которые применялись и на Восточном, и на Западном фронте.

Японские ночные налетчики, которых часто можно было встретить над Гуадалканалом, не причиняли значительного ущерба, но постоянно досаждали американским солдатам, лишая их сна, за что и получили такие прозвища, как «Луи-вошь» и «Стиральная машинка Чарли». Впоследствии американцы успешно противостояли налетам с помощью ночных истребителей P-61 «Блэк Уидоу» и F6F «Хеллкэт», который был необычным одноместным ночным истребителем без отдельного оператора РЛС. Когда начались ночные налеты B-29 на японские острова, армейские и флотские ВВС Японии пытались противопоставить им ночные истребители Ki-45 и J1N1 «Гекко», однако «Суперфортресс» был слишком грозным противником для истощенных японских ВВС.

В War Thunder можно найти множество миссий против управляемых компьютером соперников (которые доступны в меню «Отдельные миссии»). Они охватывают все доступные театры военных действий и включают ночные миссии, например «Спасение ночной ведьмы», в ходе которой необходимо спасти экипаж сбитого По-2 на Восточном фронте, или «Ночной дозор» — миссию по уничтожению японского конвоя над островом Пелелиу с помощью F6F.

Ночные бои позволяют получить некоторое представление о трудностях, с которыми сталкивались реальные пилоты, выполняя боевые задачи в темноте, и являются интересным дополнением к игре. Однако из-за сложности игры в таких условиях большинство игроков рады, что они являются исключением, а не правилом.